Cerkev so zgradili jezuiti na mestu nekdanje gotske cerkve, ki je stala v okviru avgu¹tinskega samostana. Bila je prva jezuitska cerkev v Sloveniji in je vplivala na zasnove kasnej¹ih redovnih cerkva. Jezuiti so novo cerkev zgradili l. 1615, takoj za gradnjo jezuitskega kolegija. Kasneje so kompleksu dozidali ¹e gimnazijo. Notranjost Sv. Jakoba je kvaliteten primer baroène cerkvene arhitekture. Jezuiti so od prvotne cerkve ohranili le apsido prezbiterija. Cerkvi so kasneje prizidali osmerokotno kapelo Sv. Franèi¹ka Ksaverija. Glavna dvorana je zasnovana kot enoten prostor, usmerjen proti oltarju. Ob straneh se vrstijo stranske kapele s kamnitimi oltarji, ki so dela kiparjev Angela Puttija, Francesca Robbe idr. Slednji je oblikoval tudi glavni oltar.Na trgu pred cerkvijo so jezuiti postavili spominski steber Marije Brezmade¾ne. V letih 1926-38 je arhitekt Pleènik preuredil celoten Levstikov trg ter ob tem izdelal nov podstavek za spominski steber.Cerkev so prviè predelali po potresu 1699. Sledili so potresi l.1774 in 1895, po katerem je arhitekt Jeblinger popolnoma preoblikoval njeno zunanjost.